Peder blev gift med Helene Juliane Jacobsdatter Glasius den 2 Mar. 1734 i København. Helene blev født i 1708; døde i 1736 i Dråby, Horns herred, Frederiksborg amt; blev begravet den 26 Okt. 1736 i Dråby, Horns herred, Frederiksborg amt. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. overtoldbetjent Frederik Carl Aarestrup blev født i 1734 i Dråby, Horns herred, Frederiksborg amt; blev døbt den 2 Jan. 1735 i Dråby kirke, Horns herred; døde den 1 Feb. 1815 i Bergen, Norge.
2. Jacob Aarestrup blev født i 1736 i Dråby, Horns herred, Frederiksborg amt; blev døbt den 12 Aug. 1736 i Dråby kirke, Horns herred; døde i 1741 i Jægerspris; blev begravet den 25 Jun. 1741 i Jægerspris.

Peder blev gift med Margrethe Frantsdatter Schiøtte den 1 Mar. 1737 i Dråby kirke, Horns herred. Margrethe døde i 1756 i Hillerød; blev begravet den 17 Maj 1756 i Hillerød. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Konsumptionssekretær Frants Schytte Aarestrup blev født i 1738 i Dråby, Horns herred, Frederiksborg amt; blev døbt den 26 Feb. 1738 i Dråby kirke, Horns herred; døde i 1793; blev begravet den 26 Jan. 1793 i København, Trinitatis Kirke.
2. Helene Juliane Aarestrup blev født i 1740 i Dråby, Horns herred, Frederiksborg amt; døde i 1803; blev begravet den 12 Aug. 1803 i København, Trinitatis Kirke.
3. forpagter Peder Aarestrup blev født i 1748 i Hillerød; blev døbt den 10 Nov. 1748 i Hillerød kirke; døde den 27 Okt. 1802 i Ny Lellinge.
4. hørkræmmer Ole Schytte Aarestrup blev født i 1751 i Hillerød; blev døbt den 16 Apr. 1751 i Hillerød kirke; døde den 27 Dec. 1798 i København, Trinitatis Sogn.
5. Helene Aarestrup blev født i 1753 i Hillerød; blev døbt den 9 Nov. 1753 i Hillerød kirke; døde i 1783.